高端光纤磁盘阵列(如EMC2的Symmetrix、日立的HDS高端磁盘阵列)采用的结构类似，但一般都有各自的独特之处。比如EMC2的DMX结构、HDS的Hi-Star switched architecture结构都是为高端磁盘阵列而设计的，可以提供更高的性能、可靠性、可用性、可扩展性、及更多的高级功能--如对业务连续性的支持。
从光纤磁盘阵列的结构可以看出首先它的最为突出的优势是存储共享。与其他阵列（如SCSI阵列）不同，光纤磁盘阵列可以接入存储区域网，多台主机可以通过存储区域网同时访问一台或多台光纤磁盘阵列。这就为存储集中和共享提供了最为灵活的硬件和网络平台。
其次光纤磁盘阵列的另一个优势是其高可用性。光纤磁盘阵列不但具有普通磁盘阵列所支持的各种高可用性功能，如对RAID的支持、Hot-Spare硬盘、RAID自动重建、后台在线重建、在线RAID扩容、硬盘热插拔、支持并发I/O及命令队列、磁盘阵列配置备份、缓存电池保护、硬盘故障自动检测等；而且双控制器、多冗余环路、多主机接口的冗余配置，不但保证了本机的可用性，而且可以防止了存储区域网上其他设备故障对数据存取的影响。
在存储共享和高可用性的优势之后才可以提到高性能的优势。光纤通道较传统存储技术（如SCSI）来说，支持更高的性能。目前光纤磁盘阵列对内、对外都可以支持200MByte/s的全双工读写，不久的将来1GByte/s的产品即将上市。
此外光纤磁盘阵列的另一个优势是其高可扩展性。一方面，对于同一个磁盘阵列来说，由于其采用仲裁环结构，理论上一个环上可以接多达126块硬盘，这相对于SCSI总线上最多15块硬盘的容量明显高了很多；而且还可以通过增加同一个磁盘阵列支持的环路数来增加支持的硬盘数。另一方面，在由光纤通道构成的存储网络中，由于光纤磁盘阵列可以被共享，当某台主机访问某台阵列上安装的硬盘达到最大而不能再扩充容量时，完全可以通过将另一个阵列上的存储空间共享给该主机实现实际上的存储空间的扩展。
根据光纤磁盘阵列的优势和特点，其主要应当应用在对数据共享、高可用性/高可靠性、高性能和高扩展性要求很高的行业或环境中。对于国内广泛应用IT的行业具体情况来说，像金融、电信、电力、税务、化工、冶金等关键业务部门的数据中心采用共享磁盘阵列存储数据是非常必要的，它可以满足这些行业对于高可靠性/高可用性、高性能的苛刻要求；像媒体、图书档案馆、科技研究、监听等数据量要求非常大的行业数据中心，采用光纤磁盘阵列可以很好地满足其大容量存储、不断扩展等方面的要求。
需要注意的是在选择应用光纤磁盘阵列时，一般会选择存储区域网SAN作为整个IT信息系统的基本架构。在SAN架构中，由服务器或主机、光纤交换机、光纤磁盘阵列、光纤带库共同组成一个存储网络；而客户端和其他存储需求不大的服务器则通过常用的IP网络与存储网络中的服务器通信。
此外在高端的NAS应用中，往往会采用NAS机头(NAS head)作为NAS服务器的控制端，光纤磁盘阵列通过SAN或直连连接到NAS head上，为其提供高性能、大容量、高可用性的存储后端。
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